Molte delle isole della laguna, per vari fattori naturali o storici, sono scomparse: si può scoprire la loro ubicazione grazie ad alcuni reperti che si trovano tra barene o canali, isole che probabilmente facevano parte di comunità importanti, ma ormai scomparse.

Ammiana

Si pensa che Ammiana, oggi isola scomparsa, dovesse trovarsi nella zona di S.Cristina, in direzione di Lio Piccolo.  Questo centro di notevole importanza era composto da varie isole collegate da ponti; presentava numerose chiese e come ogni altro luogo lagunare anche questo fu fondato verso il V secolo dagli Altinati in fuga davanti alle invasioni barbariche.  Il nome della città venne dato forse per ricordare una delle porte della originaria città di Altino. Verso il 1300 quest'isola fu abbandonata a causa delle condizioni ambientali che erano in continuo mutamento ed oggi la zona è diventata una grande distesa di barene e ghebi.

Costanziaca

Altra isola molto importante fu Costanziaca, probabile contrada di Torcello.  Il nome le venne dato in onore dell'imperatore Costantino ed era situata tra le isole di S.Ariano e S.Cristina.  La storia della sua fondazione è simile a quella delle altre isole della laguna, ed anche l'aspetto: doveva presentarsi come un grande centro con numerosi monasteri e chiese.  Di certo sappiamo che esisteva almeno un monastero che ospitava delle monache di S. Maffio che in seguito al deterioramento ambientale dell'isola vennero trasferite a Murano.  Delle attività e delle testimonianze di questa comunità non rimane nulla se non fango ed acqua.

S. Ariano

S. Ariano fu un altro centro vicino a Torcello ed anch'esso possedeva molti conventi.   Dopo essere stata abbandonata a causa della malaria intorno al 1400, fu adibita a cimitero per quelli che morivano di malattie infettive: il luogo si presenta oggi pieno di rovi che crescono sopra ad uno strato di ossa ed un muro ricoperto da croci.  In estate l'isola è popolata da piccoli serpenti che apparvero con la malattia che fece allontanare la popolazione.

S.Ilario

Nell'isola di S.Ilario il doge Angelo Partecipazio fece costruire un'abbazia che affidò ai Benedettini.  Divenne rapidamente uno dei più importanti siti religiosi della laguna, ma subì numerosi attacchi dai Padovani e dalle forze imperiali dell'imperatore Federico II.  Alcuni scavi archeologici hanno portato alla luce alcuni reperti che sono ora conservati al Museo Correr.

S.Marco in Boccalama

Lungo il Lama, un antico ramo del Brenta che serviva per arrivare a S.Ilario, si trovava l'isola di S.Marco in Boccalama, ed  è per via di una chiesa dedicata a S.Marco che l'isola venne chiamata così.  Verso il 1300 la località fu seriamente minacciata dall'erosione, ma in seguito alla diversione (taglio) del fiume Brenta la comunità rifiorì; furono allora costruiti numerosi edifici facendo diventare quest'isola un centro molto importante per i commerci.  In seguito, a causa delle numerose pestilenze, questa zona fu adibita a cimitero assieme a diverse altre isole lontane dalla città.  Anche questa è oggi diventata solo una grande distesa di barene.

San Cristoforo della pace

Questa isola è scomparsa solo di nome, in quanto unita all'isola di S.Michele (l'attuale cimitero di Venezia) nel 1836 mediante l'interramento del rio che le separava. Appare nell'elenco delle isole scomparse perchè ormai "l'isola" tra Murano e Venezia è diventata soltanto "S.Michele" anche tra i veneziani.  Questa unione fu una conseguenza del proclama emesso da Napoleone Bonaparte riguardo l'istutuzione del "cimitero generale" per la sepoltura di tutti i morti della città.  Prima di questa operazione l'isola era abitata ed utilizzata quale luogo di detenzione; ebbe ad ospitare anche Silvio Pellico dopo un anno di "piombi" (le prigioni del Palazzo Ducale).   Per il visitatore ricordo che l'originale isola di S.Michele, detta "cavana de Muran" coincide con la parte più vicina all'isola di Murano.