Altri cambiamenti in Europa stavano comunque delineando la sua fine;  gli stessi rapporti con il papato continuarono a peggiorare fino all'interdizione (Paolo Sarpi, 1606). Lentamente tutti i territori andarono perduti, varie dispute si ebbero anche con gli stati confinanti nell'entroterra. 

La fine arrivò il 12 Maggio 1797, quando l'ultimo doge, Ludovico Manin lasciò il potere alle truppe francesi al comando di Napoleone Bonaparte.

Con il trattato di Campoformido Napoleone cedette all'Austria quel che rimaneva della ex-repubblica, cosi Venezia rimase austriaca fino al 1866, data in cui venne votata l'annessione al regno d'Italia.